Großspeicher und Silobauten prägen wasserseitig die Silhouette von Stralsund. Der Entwurf thematisiert diese bestehenden großen Speicher durch den neuen hohen Ausstellungsturm für die Riesen des Meeres, die Wale. Dieser Turm mit seiner gläsernen Aussichtsplattform, die nachts an einen Leuchtturm erinnert, wird zusammen mit den Wellen des Innenraums zum signethaften Wahrzeichen des Museums und stärkt die markante Küsten-Silhouette von Stralsund. Im Mittelpunkt des Museumskomplexes befindet sich eine großzügige Halle, die das Foyer und die differenzierten Meeresausstellungen beherbergt. Der Innenraum der Halle ist als eine Abstraktion großer Ozeanwellen geformt. Die Wellenstruktur der Dachkonstruktion unterstützt die Illusion des Eintauchens, so als ginge die Meereswelt über dem Besucher weiter. Der Besucher taucht ein in die geheimnisvolle Wasserwelt des Ozeaneums.